昆曲产生于明朝万历年间，就是1588-1601年，早在元朝末期（14世纪中叶）即产生于苏州昆山一带，起源于浙江的海盐腔、余姚腔和起源于江西的弋阳腔，被称为明代四大声腔，同属南戏系统。

元代后期，南戏流经昆山一带，与当地语音和音乐相结合，经昆山音乐家顾坚的歌唱和改进，推进了它的发展，至明初遂有昆山腔之称，连明太祖也说“昆山腔甚嘉”。

明嘉靖十至二十年间（1531-1541），居住在太仓的魏良辅借张野塘、谢林泉等民间艺术家的帮助，总结北曲演唱艺术的成就，吸取海盐、弋阳等腔的长处，对昆腔加以改革，总结出一系列唱曲理论，从而建立了委婉细腻、流利悠远，号称“水磨调”的昆剧歌唱体系。

昆曲是明朝中叶至清代中叶戏曲中影响最大的声腔剧种，很多剧种都是在昆剧的基础上发展起来的，被称为“百戏之祖，百戏之师”，有 “中国戏曲之母”的雅称。

到万历年间（1573-1620），它的影响已从吴中扩展到江浙各地，“四方歌曲必宗吴门”，一跃而居诸腔之首。

昆腔传入北京，又迅速取代了继北曲之后盛行于北京的弋阳腔，遂逐渐发展成全国性剧种，称为“官腔”。其流行地区逐渐扩展，对许多剧种影响深远，并产生了北昆、湘昆、川昆、宁昆等许多支流。

明天启（1621-1627）初到清康熙（1662-1722）末的一百余年间，是昆剧蓬勃发展的兴盛时期。剧作家的新作不断涌现，戏班竞演新剧，表演艺术日趋成熟，折子戏逐渐盛行。

清代中期以后，地方戏曲蓬勃发展，于是出现了“花雅竞争”，京剧称盛，昆剧衰微，连昆剧的故乡州、扬州等地出现抛弃昆剧转习京剧的“厌旧喜新”趋势。