10月18日，上海软科发布了2016年中国两岸四地大学排名，清华大学(北京)蝉联两岸四地第一名，北京大学跃升至第二名，排名第三的是中国台湾的清华大学(新竹)，中国科学技术大学位列第四，香港大学和香港中文大学并列第五名。澳门地区排名最高的澳门科技大学名列两岸四地第32名。

2016年软科中国两岸四地大学排名十强

2016年排名 2015排名 中文校名 地区
1 1 清华大学（北京） 大陆
2 4 北京大学 大陆
3 2 清华大学（新竹） 中国台湾
4 8 中国科学技术大学 大陆
5 6 香港大学 香港
5 5 香港中文大学 香港
7 3 中国台湾大学 中国台湾
8 13 香港城市大学 香港
9 9 浙江大学 大陆
10 12 上海交通大学 大陆
10 7 香港科技大学 香港

这是该排名自2011年问世以来第六次发布，排名展示了我国大陆、中国台湾地区、香港特别行政区和澳门特别行政区领先的100所研究型大学。

与2015年中国两岸四地大学排名相比，北京师范大学、东南大学 、兰州大学、湖南大学、北京邮电大学、苏州大学 、上海财经大学、西安电子科技大学和中国地质大学(武汉)今年均有超过10个位次的排名提升。内地还有三所大学新入榜单：江南大学首次入围，位列第78名;武汉理工大学、北京林业大学重登百强，分别位列第91名和第93名。