东汉末年，宦官专权。灵帝熹平六年，袁绍入宫诛杀宦官，段硅携帝出逃，玉玺失踪。汉献帝时，董卓作乱。孙坚率军攻入洛阳，兵士见宫中一井在早晨时有五彩云气，遂使人入井，得传国玺。孙坚将玺秘藏于妻吴氏处。后袁术拘孙坚妻，夺玺。袁术死后，荆州刺史徐璆携玺至许昌，时曹操挟汉献帝在此，至此，传国玺又归汉室。公元220年，曹丕篡权，逼献帝禅让，汉亡。曹丕使人在传国玺肩部刻下隶字“大魏受汉传国玺”。
　　
　　公元265年，司马炎同样篡权，称晋武帝，传国玺归晋。公元311年，前赵刘聪虏晋怀帝司马炽，玺归前赵。公元329年，后赵石勒灭前赵，得玺，在右侧加刻“天命石氏”。公元350年，再传西魏，后西魏乞求东晋军救援，传国玺为晋将领骗走，并以三百精骑连夜送至首都建康（南京），这样，传国玺重归晋朝司马家。在南朝，传国玺历经了宋、齐、梁、陈的更迭。隋朝一统中国，传国玺入了隋宫。公元618年3月，隋炀帝杨广被杀于扬州江都，隋亡。萧后携太子元德带传国玺遁入漠北突厥。
　　
　　唐朝初，太宗李世民因没有传国玺，遂刻了几方“受命宝”“定命宝”之类的玉玺聊以自慰。贞观四年，李靖率军讨伐突厥，同年，萧后突然与元德太子返归中原，传国玺于是又归于李唐。
　　
　　唐末，天下大乱，公元907年，朱全忠废唐哀帝，夺传国玺，建后梁。公元923年，李存勖灭后梁，建后唐，传国玺也随着到了后唐。而最后一个掌握传国玉玺的皇帝就是李从珂。
　　
　　后周太祖郭威登基时，遍寻传国玉玺不着，无奈刻了“皇帝神宝”等两方印玺，一直传至北宋。宋太祖赵匡胤从后周那儿继承了这两方宝印，而没有传国玺。北宋哲宗时，农人段义犁地时发现一方玉玺，送至朝廷。各部各阁的大学士经过多方论证，依据前朝的遗迹，最终确认不是始皇帝所制的传国玺。其后，有关发现传国玉玺的消息就时有耳闻，但都是道听途说、捕风捉影。真正的传国玉玺从此就杳无踪影了！