雷耶斯与史考莉成为密友，同穆德、斯金纳、孤枪手等也是难得的团结。

辛迪加组织成员老烟鬼

　　老烟鬼(Smoker/Cancerman)代表着在隐秘之处操纵国家的那一小撮人(即“辛迪加”组织，或称“影子政府”)，许多改变历史的事情都与这群人有关(比如老烟鬼年轻时曾刺杀了肯尼迪总统)。

　　他是穆德的主要对头之一，此人神秘莫测，有关他的一切信息几乎都是秘密(其真实身份剧中曾有揭晓)由于他手里永远夹着一支烟，所以代号为“老烟鬼”，而过多的吸烟使他得了肺癌，从此他又多了一个外号：“癌人”。

　　老烟鬼老谋深算，为人阴毒，但他内心也藏有许多忧伤。

　　他有着很强的个人魅力——但并不是让人与之成为朋友的那种魅力。

　　他虽然足智多谋，却也因为过分自大和特立独行而给“辛迪加”组织带来过许多麻烦甚至危机。

　　因此在“辛迪加”中人缘较差，差到曾有过性命之忧。 另外有一点不得不提，也是整个X档案史最避讳的一点、但却是不争的事实 ——既癌人的另一个身份：他是穆德的生身父亲。

局长助理沃尔特·斯金纳

　　身为前海军陆战队队员的调查局局长助理沃尔特·斯金纳(Walter Skinner)具有很强的责任感，有时对穆德没完没了的古怪调查会失去一些耐心。

　　他出于个人强烈的正义感曾多次帮助穆德等人，甚至同他们出生入死，也因此他们的私交随着时间的推移越来越亲密。

　　最初他曾经不止一次警告穆德和史考莉，称他们调查的范围已扩大到危险的程度。

　　他也曾被迫关闭了X档案，但是后来在自己的职权范围以内又将其重开。

孤枪侠

　　孤枪侠(TheLone Gunmen)这个名字的由来，来自于肯尼迪被刺的时候，凶手只有一个。

　　肯尼迪被刺，一直是美国历史上不解的谜团，许多人相信凶手不只一个，而被捉的凶手奥斯华也被刺杀了，这种题材正是X档案阴谋论的最爱。孤枪侠第一次出现在《X档案》中，是一个以监督政府、揭发阴谋为己任的团体，穆特称他们为“an extreme goverment watchdog/极端的政府看门狗”。

　　他们的出现为剧情发展带来了更宽广的空间与角色互动的变化，也为许多历史悬案提供“不负责任评论”，适时弥补深喉老是故弄玄虚、吊尽胃口的把戏。

　　至于三名成员拜尔斯(Byers)、郎格利(Langly)、弗洛黑克(Frohike)则是穆德的忠实密友，后来逐渐发展为史考莉甚至是斯金纳、道格特的朋友。