ATF方面，因為有正殉職而令整個ATF都瀰漫著一片愁雲慘霧，而有傑更因此不敢回家，因自己無法告訴淑芬有正殉職死亡的事實。

　　高威暗中　調查內奸

　　有傑知道不能一直隱瞞下去，便終鼓起勇氣向淑芬坦白一切。有正的殉職除了打擊ATF的士氣外，亦令志敖被上級停職處分，上司決定將情報組亦轉交高威負責管理。

　　高威指示情報組停止跟進有正失蹤的案件，有傑不服並親自找高威理論，卻被高威帶到行動組的辦公室。

　　原來高威認為ATF中有內奸出賣情報給驚鳥，故決定暗中召集ATF的精銳對有正失蹤一案進行調查，而有傑亦樂意配合高威的秘密行動。

　　葉婷提出　加入驚鳥

　　因驚鳥的計劃被ATF破壞，令驚鳥的間諜未能成功逃離香港而鼓譟，樂敏雖然用盡方法亦未能成功控制場面。

　　葉婷在有正死後大受打擊，卻決定繼續留在劍亨身邊，並且主動向劍亨提出為驚鳥效力。

　　劍亨看見葉婷的提議沒有出言反對，但是樂敏卻對葉婷的動機充滿懷疑。樂敏更特意在劍亨家中裝設監視器，以監視葉婷的一舉一動。

　　有傑鼓勵　日嘉振作

　　有傑在有正死後，便獨力照顧思念愛兒的淑芬，並且在有正的遺物中發現日嘉與有正經常一起約會的地點。

　　有傑到達兄長與日嘉約會的地點，果然發現日嘉獨自一人在回憶與有正在一起時的日子，原來日嘉一直未能放下有正的死，活在痛苦之中。

　　有傑見狀便出言鼓勵日嘉振作，並且為日嘉製作有正的自創飲料加以安慰，日嘉才稍為露出歡顏。

　　有傑發現　驚鳥間諜

　　驚鳥間諜的不滿開始升溫，樂敏便安排他們到市區藏身，因此令在重案組工作的正男找到驚鳥間諜的藏身地點。

　　有傑決定與正男一起搜索，終在一間茶餐廳發現了驚鳥的間諜正研究逃離香港的計劃。然而正男的身分因意外敗露，驚鳥的間諜發難並槍傷了正男，有傑見狀與驚鳥展開槍戰。

　　ATF行動組趕至將茶餐廳包圍，驚鳥的間諜見形勢不妙便挾持人質與有傑對峙。但有傑認出挾持人質的人就是殺害有正的兇手，因此沒有打算棄械投降。。

电视剧叛逃/ATF反恐剧情介绍：第16集 - 代替有正　支持日嘉

　　有傑持槍與驚鳥的恐怖分子對峙，但是恐怖分子卻脅持了市民做人質；為了優先保護市民的安全，反令ATF行動組不敢輕舉妄動，雙方陷入僵局。 但是想不到一向性格保守的有傑卻一反常態，竟然不顧情況冒險向恐怖分子開槍；雙方駁火後有傑成功救出人質並槍傷了恐怖分子，但這時有傑卻仍然激動不已，欲上前給與恐怖分子最後一槍了結他。看見有傑失去常性，高威即下令眾人阻止有傑。

　　欲代兄職　卻遭拒絕

　　ATF將受傷恐怖分子送院治理，經醫生診斷，該死佈分子已變成植物人；有傑得知報告後便致電日嘉；日嘉得知對方未死，感慨有正的仇最後也不能昭雪。有傑回家後亦將為兄報仇的事情轉告淑芬，但卻換來了淑芬的擔心；原來她害怕有傑也會像有正一樣離開自己。 ATF調查組自從有正死後未有填補空缺，有傑亦因為有正的死更想轉到調查組，但高威卻認為有傑存有私心而一口拒絕。