《X档案第6季》分集剧情介绍：第10集 S.R.819

　　Skinner的身体被注入了纳米机器人，他的生死全由Krycek一手掌握。

《X档案第6季》分集介绍：第11集 父与子(上) Two Fathers

　　Spender 的母亲没有死。她意外成了第一例成功的人类/alien混种，也就是辛迪加与殖民alien协议研究的在殖民后为其充当奴隶的人种。同时，叛军外星人的力量暂时占了上风，他们渗入了辛迪加组织，意图夺走spender的母亲。CSM要继续保护和殖民方合作同时暗地研制疫苗的计划，在对自己亲手扶植的儿子 Spender失望之余，他找来Fowley帮忙。

《X档案第6季》分集介绍：第12集 父与子(下) One Son

　　辛迪加抓到了 Spender的母亲和MS。Mulder了解到如果殖民方alien知道混种研究已经成功，殖民就会开始，而辛迪加故意拖延研究混种并一直隐瞒真相是为了赢得研制疫苗的时间。意识到叛军的力量已是无法阻止的，CSM等辛迪加决定把Spender的母亲交给殖民方，让殖民开始，以保存自己。但叛军先行一步，最终夺走的Spender的母亲，烧死了除CSM外的所有辛迪加成员。CSM杀死了自己的儿子Spender。

《X档案第6季》分集介绍：第13集 美丽新社区 Arcadia

　　Mulder和Scully伪装成一对夫妇来到一个秩序井然的美丽社区调查居民失踪案，发现一切是由懂远东意念术的人用泥土创造的幻人所为。

《X档案第6季》分集介绍：第14集 水怪 Agua Mala

　　佛罗里达的暴风雨把深海的一种生物带到了小城的排水系统中。这种只能在咸水中生存的生物能把人融解为水。5X15中的前X档案探员请MS来帮助解决这个问题。

《X档案第6季》分集介绍：第15集 星期一 Monday

　　Mulder每天醒来都回到同一个星期一，经历同样的事情却毫不知情。只有一个女子知道要逃离这无间地狱，必须改正一件错误的事情。

《X档案第6季》分集介绍：第16集 变形犬 Alpha

　　一名到中国寻找失落的王山犬的教授获得了变身成动物的能力，开始无法控制杀人的欲望。

《X档案第6季》分集介绍：第17集 穿墙人 Trevor

　　一名囚犯在一场风暴中意外获得了身体穿越固体的能力。他逃出了监狱，想要找回自己的儿子。

《X档案第6季》分集介绍：第18集 爱情小说 Milagro

　　暗恋Scully的小说家为了接近Scully，在小说中创作了完美的犯罪，小说中的杀手来到现实中执行了这些罪行。在了解到Scully心有所属后，小说家不知如何结尾了，而小说中的杀手告诉他应该杀死Scully。

《X档案第6季》分集介绍：第19集 难兄难弟 Three of A Kind

　　孤枪侠Byers自从1990年后就一直在寻找的那名女子现身拉斯维加斯。他们为她能摆脱阴谋和追杀，请来了Scully帮忙。

《X档案第6季》分集介绍：第20集 快乐人生 The Unnatural

　　5X15中的前X档案探员有个双胞胎兄弟，给Mulder讲了一个发生在1947年的故事，有关alien、赏金杀手、棒球，还有单纯的快乐。

《X档案第6季》分集介绍：第21集 田野之旅 Field Trip

　　北卡罗来纳州的布朗山附近长了一种蘑菇，通过释放出的孢子让人产生非常真实的幻觉，睡梦中的人却作为这些蘑菇的营养慢慢被消化了。

《X档案第6季》分集介绍：第22集 创世纪 Biogenesis

　　非洲象牙海岸发掘出了写有符号的飞船碎片，发现碎片的相关科学家纷纷被谋杀。这些碎片让Mulder脑海中听到无数声音并同痛不欲生。Scully发现碎片上的符号可能是人类的基因蓝图。Mulder被关进了精神病院。Scully来到象牙海岸，看到半埋在沙滩中的飞船。