原来马小玲和况天佑在2001年经历将臣一役后（《僵尸2》之故事），伤重将死，最后被盘古族人所救，并把这对饱经劫难的爱侣带到没有眼泪，没有仇恨的盘古族圣地中生活...可是，一直被盘古族监禁的瑶池圣母，突然狂性大发，潜藏在圣母体内的毁灭性力量一发不可收拾，在盘古圣地大肆屠杀，最后，圣母竟把盘古灭族，还抢去了"天书"逃到人间，不知所踪。而况天佑亦在这"瑶池之祸"中力战而死，但在天佑临死前，盘古长老推算出能阻止圣母的人，只有一个，便是活在宋朝的天佑前生---箭头...

　　于是，天佑忍痛地借助盘古的最后力量，把小玲送回宋朝，希望小玲把箭头带回现代，阻止圣母的恶行。小玲虽百般不愿，但身负重任的她还是不得不忍着泪离去，就在离去之前，瑶池圣母终杀至，况天佑就在小玲的眼前战死...到了宋朝的小玲，强把伤心收拾，找到了箭头，但看着一胸热血，正为保家卫国燃烧生命的箭头，小玲实在不忍把他带到现世去面对不可知的命运，故此一直未有露面，直至箭头被鬼兵所围，小玲才被逼现身...时箭头见小玲道法厉害，竟把小玲推荐给岳飞，帮忙破完颜无泪的"诛仙邪阵"。小玲心知岳飞收复朱仙镇后，便会被秦桧以十二道金牌召回京城，死在风波亭之中，心中实在不愿帮忙，但最终还是不忍看见战意高昂的箭头失望而答应。

　　终于，马小玲便带着岳家军，上演了一幕精采的大破"诛仙阵"，把朱仙镇收复过来。而小玲过去从荷里活电影中学回来的军事知识，更刺激了岳飞的思维，写成《武穆遗书》这一代兵法奇书。

　　但，历史并没有因小玲的出现而改写，十二道金牌落下，尽忠的岳飞就是明知此去必死，还是不得不上朝面圣，落得风波亭中枉死的下场...箭头悲愤填膺，就要上京刺杀秦桧，小玲不欲箭头送死，就在诛仙镇的城门前，把自己到来的原因相告，箭头呆然间，金兵得知岳飞已死的消息，又再兵临朱仙镇的城下...

　　金国倾城的兵力已在小玲和箭头的面前出现，小玲就在等着箭头的一个答案---跟他回到2003年，迎接不可知的命运，还是留在这个时空世代，为历史献出毫无阻力的鲜血...终于，箭头狂嚎一声，拔出他的剑孤身闯进敌阵。

　　看着视生死如无物的箭头，小玲就像看到天佑复生一样，最后，小玲也提起了剑，投向万军敌阵，在生死两忘之间，小玲和箭头只希望能在气尽血枯的一刻，可以再次紧握对方的手...终于，二人的手紧握，小玲心还是不忍，于是尽最后一口气，以道法把箭头送走，自己则落入了完颜无泪的手上...完颜无泪对小玲恨之入骨，决定把小玲炮烙至死，时箭头再次出现，这次面对完颜无泪的邪法，箭头竟然悍然无惧。原来箭头为救小玲，又知自己力量有限，竟依小玲所言，找到将臣的沉睡之处，哀求将臣把自己变成僵尸，然后借助僵尸的力量来救小玲一命，最后，箭头终于把完颜无泪除去，顺利救出小玲。

　　小玲眼见箭头为了自己，竟和天佑一样背负上僵尸孤寂悲哀的命运，不自觉间，已把箭头当作了天佑的替身。而箭头眼见宋室腐败而心死，决定和小玲回到现世，和瑶池圣母一决生死...终于，小玲使用了盘古留下的仅余力量，和箭头一起返回了2003年...