乾隆对此十分恼怒，找上南少林兴师问罪，若不能在限定时日内抓回两人，便要取玄通大师的首级。屡次扑空杀不了世玉的云明逮此机会，索性将玄通囚禁起来，自命为南少林主持，并将玄通交给皇上。皇上没想到会南少林会出此内杠，怀疑云明的所作所为。在玄通的一番解释点拨下，乾隆弄清楚了事情的来龙去脉。他下令恢复了玄通的主持位置，但仍表示如果这个案子不结，不抓到世玉四娘二人，就要灭了南少林！云明仓皇出逃，更歇斯底里地去找世玉拼命，三德和尚在保护世玉中被云明的暗器毒伤，命不过三天。云明被救人心急的吕四娘就地解决，一命呜呼。

　　三德临终前将所有的秘密和阴谋对世玉和盘托出，伤心失落的世玉遵照师傅的遗嘱，让吕四娘将宝藏图绘下，通过玄通大师献给皇上，保住南少林。同时交给玄通大师一封信，说明自己要永远离开南少林，和吕四娘一起去广东山林海畔生活。

电视剧《南少林三十六房》分集剧情介绍：

《南少林三十六房》剧情介绍：第1集

　　雍正年间，南少林三十六房住持刘仁宣受方丈之命给皇上送密函，途中遭袭身亡。当年康熙帝将缴获倭寇的宝藏藏在南少林中，刘仁宣是受皇上之命将宝藏部分清单送往京城。宝亲王弘历受雍正之命前往浙江海宁以寻医为名暗访倭寇内应，弘历途中遇吕四娘袭击。吕四娘父亲吕留良当年被雍正所杀，吕四娘女扮男装陆弘十找到当年父亲好友、“易神医”曹太虚杀弘历。雍正派方世玉和北少林玄真继任三十六房住持和方丈，刘仁宣之死是师叔普照所为，他欲夺方丈之位和宝藏。

《南少林三十六房》剧情介绍：第2集

　　吕四娘要曹太虚和她一起报仇遭拒，与前来的弘历相遇，曹太虚趁机逃走。吕四娘与弘历打赌，如自己用曹太虚最爱吃的狗肉将其骗出，弘历就与她进京城杀一个人，曹太虚被骗出，吕四娘与弘历相约广宁寺。江浙总督府温荣玉为讨好弘历，将名妓小红安排给弘历，洽遇方世玉到府上求见，小红将求救纸条递给方世玉，方世玉与吕四娘将小红救出怡红院。

《南少林三十六房》剧情介绍：第3集

　　“陆公子”和曹太虚欲在广宁寺杀弘历，被方世玉救下，方世玉告别弘历继续前往北少林。普照一班人欲在方世玉茶中下药，被“陆公子”巧妙化解，“陆公子”对方世玉暗生情愫。北少林内，方世玉见到玄真大师和他的徒弟云明，３人连同云惠一起前往南少林。

《南少林三十六房》剧情介绍：第4集

　　普照特来迎接，几次加害玄真，但玄真还是如期披上主持伽沙。吕四娘师兄江南六侠之一白太官，追杀吕家仇人刘太３年，终将其人头祭在吕老先生坟前，与暗恋多年的吕四娘相会。弘历回京，他在江南时屡次听到“往生极乐，天心月圆”，他询问雍正被拒绝。因倭寇猖獗，雍正再次派弘历前往海宁。

《南少林三十六房》剧情介绍：第5集

　　玄真让云明与方世玉比武和试解说《愣伽经》，胜者出任三十六房主持，3人遭到普照暗算，幸方世玉发现一密道逃生。方世玉收到弘历差信应邀下山，让助其收缴陆宏十等人。弘历赶路时吕四娘等人杀出来，弘历抽出闪灵长剑，吕四娘抽出木鞘长剑，两把剑心有灵犀将二人杀招化解。弘历分析吕四娘在进京路上，决定再次回京。温荣玉儿子温涛娶了武功高强的妻子，决定娶亲当天摆擂比武。