在禁闭的飞船上，禁闭告诉身处囚牢的擎天柱：变形金刚其实他们是被称为“造物主”的神秘外星种族制造出来的，而汽车人和霸天虎在宇宙中的大战令“造物主”不满，便雇佣他追捕汽车人首领。

　　作为帮助抓捕擎天柱的奖励，禁闭将“种子”——一种能将有机物转化为”Transformiun“的炸弹——交给了“墓风”部队幕后推手哈洛德。与此同时，大黄蜂、探长、漂移、准线、凯德、肖恩一起溜上了禁闭的飞船，救出擎天柱和泰莎，在飞船进入太空之前偷走了救生艇附带上面装载的武器收藏与古代变形金刚——骑士，前去寻找“种子”的下落。

　　约书华和工作伙伴苏月明、达茜·泰莉撤至北京，在那里，亚汀杰用种子换取了KSI的五百万股份，但其实约书华之前接到过来自凯德的一通电话，开始后悔自己的所作所为，此刻心里正犹豫不决。惊破天突然失控，附带感染了五十台人造金刚原型，大闹KSI工厂，见到自己原本为了“创造美好未来”的作品变成战争机器，约书华终于下定决心背叛亚汀杰，和苏月明一同将“种子”转移至香港。

　　“墓风”、霸天虎均想抢夺“种子”，在香港的争夺大战终于开始。

　　在汽车人装载“种子”的时候，飞船被禁闭的一颗炮弹击中坠落，留在地面上的探针和大黄蜂试图保护约书华等人，但因与霸天虎之间实力悬殊而节节败退，擎天柱唤醒飞船中的“传奇骑士”机器恐龙——钢索、嘲笑、扫射、铁块，带领他们返回城市摧毁惊破天的军队。

　　禁闭发觉擎天柱逃跑，便重返地球，使用巨大的磁力武器吸附城市中的所有金属，试图以此重新捕获擎天柱。擎天柱摧毁了武器并和禁闭单独决斗，战斗中，擎天柱不慎被禁闭刺穿胸膛，钉在了墙上，就在危急关头，凯德、大黄蜂前来助阵，分散禁闭的注意。肖恩、泰莎用拖车帮助擎天柱脱困。最终擎天柱消灭了禁闭，并用禁闭的炸弹把人造金刚统统炸光。

　　但却没能抓住惊破天——最后他乘机占据了禁闭的飞船，打算和擎天柱改日再战。

　　大战结束，擎天柱将伊格一家平安地转交给香港警方，并让机器恐龙重获自由，而他自己则打算将“种子”永远地藏起来，临行前，凯德问他彼此之间是否还有机会再见面，擎天柱回答说他不知道，并叮嘱汽车人照顾好这一家人，然后便带着“种子”飞向遥远的太空，同时向“造物主”发送了一条信息：不要打地球的主意，否则他永远不会放过“造物主”们！