这些克隆人中有一个叫做“雅克”（Jak，汤姆·克鲁斯）的克隆人，他是无人驾驶巡逻机的修理工，他有一个搭档叫“薇卡”（Vika，奥尔加·柯瑞兰寇），专门负责扫描受损的无人巡逻机和监视“清道夫”（一种来到地球上的野蛮的外星物种）的动向。有一天雅克看见了一团火球从天而降，那是个逃生舱，里面是一个叫做“朱丽亚”（Julia Kanan，安德丽亚·瑞斯波罗格）的女宇航员，雅克从“清道夫”手里救下了朱丽亚并把她带回了自己和同类的居所——高耸入云的“摩天塔”。

　　朱丽亚醒过来之后讲述了自己的故事，原来她就是当年“奥德赛”号飞船的船员，在“白立方”捕获“奥德赛”之前逃了出来，成为飞船上唯一幸存下来的船员，而克隆人雅克的原形就是朱丽亚的爱人！在隐藏于体内基因的作用下，雅克做出了以前他根本不敢想象的决定，带着朱丽亚开始了自我发现之旅，而这可能会给他们俩带来灾难性后果……