一次，斯泰恩和许多犹太人被送上了火车，辛德勒得知后火速赶往车站，机智地斥责德军军官，并在火车启动时在窗口找到了斯泰恩，并把他留了下来，责怪他日后别忘带工作证，以免遭此横祸。

　　1943年3月13日，克拉科夫的犹太人遭到了惨绝人寰的大屠杀。党卫军开着军车带着成群的狼狗进入了犹太区，见一个杀一个，克拉科夫一片肃杀之气，个个如惊弓之鸟。腥风血雨，其状甚惨。和情妇骑马归来的辛德勒驻足小山坡，眼前的一切使他受到了极大的震撼。不忍卒睹的情妇，哽咽着恳求他离去。

　　望着空无一人的工厂，辛德勒忧心忡忡。思虑再三，他决定去找党卫军司令官阿蒙•戈特，让他批准将埃马利亚工厂定为一个附属劳役营，重新恢复生产。戈特推说要达到目的须具备很多条件，以此乘机狠狠赚它一票。辛德勒自然心领神会，表示只要鼎力相助，他定会给以令人满意的报答。

　　辛德勒来到普拉绍夫劳役营，乘机和斯泰恩见了面。斯泰恩告诉他到时别忘了给党卫军军官及家属的生日送礼，还必须按时孝敬财政部和军需局的人，党卫军司令部的费用每个月的第一天就得送去。以此来换取获准开设集中营金属加工厂的权利。在德军疯狂屠杀犹太人的日子里，辛德勒开设的工厂成了众多犹太人的避难所。辛德勒庆祝生日时，吹灭了五层高的蛋糕上的蜡烛并亲吻了身边的每个女人。工厂里的犹太姑娘带着一个犹太女孩，也捧着他们的蛋糕，代表全体工人祝他生日快乐，辛德勒也亲吻了她们，但他没料到由此却惹下了祸。

　　广播里传来了叫所有活着的犹太人立刻到广场集合的命令。刚从匈牙利来到集中营的犹太人不知道在等待着他们的是什么命运。阿蒙•戈特下令把有病的犹太人全部消灭掉。听军官说要脱衣检查身体，女人们纷纷弄破手指挤出血来涂在脸上、唇上增加血色。

　　在站台上，呆在闷罐车里的犹太人承受着烈日的炙烤，口渴难忍。辛德勒给坐在月台上的戈特递上冰镇汽水后建议叫辆消防车来，用水笼头朝那些犹太人喷洒，以此取乐。于是，戈特吩咐士兵执行，犹太人纷纷用嘴去迎接这生命之泉。辛德勒吩咐士兵朝车顶多喷一点，注视着他的戈特意识到了什么，脸上的笑容顿时收敛了起来。

　　盖世太保逮捕了辛德勒，罪名是违反了元首的种族法规，在他生日当晚无意中吻了那位送蛋糕的犹太姑娘。戈特向盖世太保头子朱利斯解释，并为辛德勒说情，用钱解决了问题。辛德勒在受到一番警告后获得保释。

　　1944年4月，在克拉科夫和普拉绍夫犹太人居住区中被杀害的犹太人已超过一万。阿蒙•戈特奉上级之命挖出早已埋葬的尸体焚化，并把剩下的犹太人运往奥斯威辛集中营。辛德勒得知这一情况后要求戈特给他的会计师特别待遇。