永乐皇帝所贯彻的为了打倒黄金家族而扶持卫拉特势力的政策，在他死后才发生了效力。在1434至1438年间，卫拉特首领、马哈木之子脱欢率军攻进蒙古东部，杀死了帝国大汗阿台和他的重要辅臣阿鲁台，夺得了大汗宝座。虽然，黄金家族——忽必烈家族的一个王子、额勒伯克之子、本雅失里的兄弟阿占在此时被拥护正统的首领们宣布为大汗，但在事实上，蒙古的帝国已经从黄金家族——忽必烈家族转到了卫拉特——绰罗斯家族入手中。

对于明朝皇帝来说，成吉思汗的黄金家族已经完结了，草原的这些新君主是一支没有显赫历史的民族，他们在蒙古帝国的历史上既不显赫也不重要，他们不可能如黄金家族那样具有无上的威望和号召力。那么，蒙古人对于中原的威胁就应该自此结束了。

但是，卫拉特人并没有忘记他们继承的是蒙古帝国的汗位，虽然在表面上，他们把自己和其他蒙古人尤其是黄金家族的距离拉得很远，但他们无时无刻不在想着恢复蒙古帝国原来的疆域。

当然，在明帝国还很强大的时候，卫拉特人是不会随便捋虎须的，他们还记得祖上马哈木的教训。因此，恢复帝国的第一刀他们向东南地区的察合台汗国砍去。脱欢的儿子额森(也先)击败了察合台汗国的卫思汗，强娶了他的妹妹哈尼木公主，因为卫思汗是黄金家族，所以这一联姻，使得卫拉特人有了足以号召所有蒙古人的血统。

额森继承其父脱欢的汗位时，蒙古帝国的疆域从巴尔喀什湖延伸到贝加尔湖，又从贝加尔湖延伸到长城附近地区，象征正统的都城哈拉和林也是帝国的领土之一。1449年，他向中国公主求婚遭到悔婚，于是，额森蹂躏了山西北部、大同附近的中国边境。明朝英宗皇帝及太监王振前往迎战。在土木堡展开战斗。额森给明军灾难性的打击，歼灭明军10余万，俘英宗皇帝。然而，因不善围攻战，额森无法攻陷该地的设防城市大同和宣化，于是，带着俘虏英宗皇帝帝返回蒙古。

三个月以后，他卷土重来，进军至北京西北郊，但是，他遇到明朝名将于谦的抵抗，发动的各次进攻都被打退，不久明朝的各路援军赶来。由于受到优势兵力的威胁，他沿居庸关撤退。1450年，额森决定释放英宗帝，并于1453年与中国议和，并宣布自己是中国的属臣，这一行动表明他抛弃了蒙古帝国的宗主权，把自己看成是一个独立的可汗。这样做无疑并不明智，原本已经臣服于他的各黄金家族的部落和汗国又重新自立。

1455年，额森被暗杀。额森之子阿马桑赤台吉继其父汗位，在1456入侵察合台汗国，在伊犁河附近打败了在位的羽奴思汗。而在这时，皇后哈尼木(察合台汗国卫思汗妹妹)在后方制造混乱，她的儿子亦不刺忻和也里牙思两兄弟对阿马桑赤发动叛乱，却没有成功。但经过这次内乱，卫拉特的实力严重的被削弱了。