高山族有许多关于狩猎、农耕、祭祀及其他方面的禁忌。具有普遍意义的禁忌：属于视觉的，如禁忌遇见横死者及其葬地、遇见动物交尾等；属于触觉的，如禁忌接触神物、接触死者的器物等；属于行为的，如禁忌排气、打喷嚏、同族***等。特殊禁忌：女人不能接触男人使用的猎具与武器，诸如弓、箭、枪、矛等，不得擅自进入男性会所和祭祀场地；男性不能接触女人使用的织布机和生麻，在狩猎、捕鱼及农忙期间，禁止与女性同房；在会所受训期间，禁止与女性接触；在捕鱼、出猎或祭祀期间，家里不能断火；祭祀期间不能吃鱼等。其中，祭祀中打喷嚏尤为忌讳，南部高山族认为喷嚏意味着灵魂出壳，有招诱恶灵的危险，是祸事临头的征兆。此外，生育方面的禁忌也很突出。主要有：禁忌生双胞胎，迷信双胎是野兽所在，预示着灾祸将至，必杀其一以为禳灾。布农人禁忌私生子，通常把私生子抛弃荒郊野外。阿美人生产禁忌男人与寡妇窥视，婴儿禁忌父亲怀抱，据说由于婴儿躯体软弱，会通过接触使其父传染软弱的病症，以致狩猎、出征时奔跑乏力，一无所获。这条奇特的禁忌具母系特权社会确保孩子抚养权操在母方手里的“措施”。