《纪效新书》是戚继光在东南沿海平倭战争期间练兵和治军经验的总结。他在《自序）中说： “数年间，予承乏浙东，乃知孙武之法，纲领精微莫加矣。第于下手详细节目，则无一及焉。犹禅家所谓上乘之教也，下学者何由以措。于是乃集所练士卒条目，自选*亩民丁以至号令、战法、行营、武艺、守哨、水战，间择其实用有效者，分别教练，先后次第之，各为一卷，以海诸三军俾习焉。顾苦于缮写之难也，爱授粹人。客为题曰：《纪效新书》。夫曰‘纪效’，明非口耳空言；曰‘新书’，所以明其出于法而非泥于法，合时措之宜也。”这段话说明了撰写本书的目的、成书的时代、背境和主要内容、特点，以及书名的来历和含意。但未言及具体成书年代。据《戚少保年谱耆编》卷二记载：“嘉靖三十九年，……春正月，创鸳鸯阵，著《纪效新书》。”说明《纪效新书》当写成于戚继光调任浙江抗倭的第六年即嘉靖三十九年（1560年）。

《纪效新书》原本十八卷，卷首一卷。具体篇目如下：卷首包括“任临观请创立兵营公移”、“新任台金严请任事公移”、“纪效或问”三篇。正文分：束伍篇第一、操令篇第二、阵令篇第三、谕兵篇第四、法禁篇第五、比较篇第六、行营篇第七、操练篇第八、出征篇第九、长兵篇第十、牌筅篇第十一、短兵篇第十二、射法篇第十三、拳经篇第十四、诸器篇第十五、旌旗篇第十六、守哨篇第十七、水兵篇第十八，共十八篇十八卷。