然而，让考古学家和历史学家捉摸不透的是，如此神秘而灿烂的文明，却在公元8世纪的中后期突然消失了，留给人们的只有一座座宏伟建筑的废墟、神秘的艺术作品以及由此而引发的无尽的思考。为此，科学家们又进行了大量艰苦的探索，也由此产生了种种推测。科学家们首先想到的是野蛮的古代战争。考古学家们破译了大量文字，这些文字刻绘在石碑上、陶罐上以及城墙上。从这些被破译了文字的一座座墓碑上，翻译者们看到了一些关于玛雅人的描述，有战争策略、血腥的战场以及用被俘的敌人来进行祭祀……我们所看到的玛雅的统治者，都是些好战的武士，而不是以前人类所提出的，玛雅人是一群非常爱好和平而且具有丰富知识的人。因为大部分文字记载的都是他们的战争以及在战争中取得的胜利。然而，考古学家们又发现了更多的证据，这些证据向我们展现的是玛雅人的穷兵黩武。例如，在蒂卡尔曾发现一些类似护城河和胸墙的长而且狭窄的壕沟和土埂。这种曾用于防御的城墙也在拜肯发现过。人们在卡拉科尔的建筑物上发现有烧焦的痕迹，还发现一个未被埋葬的儿童躺在一个金字塔的地板上。在伯南帕克曾发现过许多栩栩如生的类似宗教仪式的壁画，而现在我们再看它们，则仿佛是那些真实的战争场面的再现。