在朱元璋平定天下、创建帝业的岁月里，马皇后和他患难与共。因此朱元璋当了皇帝后，对马皇后一直非常尊重和感激，对她的建议也往往能认真听取和采纳。朱元璋几次要寻访她的亲族封官加赏，都被马皇后劝止。朱元璋性情暴烈残忍，为了保住朱家子孙日后的统治地位，不断寻找借口屠戮功臣宿将。对此，马皇后总是婉言规劝，使朱元璋多少有所节制。马皇后一直保持过去的俭朴作风，平日穿洗过的旧衣服，破了也不忍丢弃。并教导妃嫔不忘蚕桑的艰难。遇到荒年灾月，她带领官人吃粗劣的菜饭，以此来体察民间疾苦。1382年（洪武十五年）五十二岁的马皇后病逝。临终嘱咐朱元璋“求贤纳谏，慎终如始”，并愿“子孙皆贤，臣民得所”。