被劫持的核专家杨佑亭被发现有假，原来有人冒充并试图进入核基地。周明天被最终证实不是爆炸案的实施者，这背后另有其人。肖克为了杜明明的安全，将她锁在宿舍里，没有让她参与进一步的行动，杜明明之后被发现死于宿舍，肖克追悔莫及，痛苦不已……

　　周明天被打死，梅花党组织的一些成员也被缉拿归案，似乎已经平静的生活仍然隐藏了更大的罪恶与真相。谢宝音突然被绑架以及辛红羽离奇自杀，龙飞从一系列的事件中，觉察出了敌人的踪迹，原来真正的敌人——梅花党组织的更大头目就常年埋伏在公安组织的内部……

电视剧《秘密列车》分集剧情介绍：

《秘密列车》分集介绍：第一集

　　龙飞假扮列车员秘密保护着送往西北的核研究专家。途中得知有人假扮列车员混上了秘密列车。通过对列车的逐一排查，龙飞发现了假李兵，将其抓获！就在特务快要招供时，列车突然紧急停车，铁轨上发现不明包裹，正待龙飞等人检查停车原因时，意外再一次的发生了，秘密车厢爆炸，当龙飞跑回车厢时发现了玻璃门上带血的梅花，此时龙飞才知道所有的一切与之前破获的梅特务花党有关。

《秘密列车》分集介绍：第二集

　　通过甘谷公安重要线索的提供，龙飞对不明包裹的投掷者甘小二进行了耐心的审讯。审讯证实，他与火车爆炸和碎尸案毫无关系。通过专案组对碎尸的分析和法医对尸体的拼接，证实了尸体的埋尸地点，龙飞等人再次前往甘谷。

《秘密列车》分集介绍：第三集

　　龙飞经过仔细勘察地形后，确定了三个埋尸地点。最终选择了河边，树林，公交车站三个地方进行了地毯式的搜查，最终在公交车站发现了残存的第一死者尸体。通过对死者面容的辨认证实了死者的身份。死者丈夫得知死讯后的漠不关心和冷酷的态度，使龙飞等人产生了怀疑，通过对死者家的搜查，断定为第一杀人现场。

《秘密列车》分集介绍：第四集

　　曲浩然得知妻子为自己挪用公款伤心欲绝，但是又不能排除杀人嫌疑。于是龙飞再一次来到凶案现场，踏着凶手的足迹，希望能找到线索。就在此时得到消息，发现第二死者，根据邮寄地址，龙飞肖克踏上了去往运城的火车。

《秘密列车》分集介绍：第五集

　　龙飞肖克在对贺小影单位的勘察中，确定了第一凶案现场为贺小影的宿舍。通过对临时工小谢的排查，得到了凶手的遗留下来的痕迹，断定凶手为业务员。通过这些蛛丝马迹案情有了新的进展，龙飞肖克立刻前往武威，在失踪者的一一排查中，找到了第三死者包喜妹的家，凶手改变了一贯的做法，在种种迹象表明下，龙飞等人在邮局部署了一切，等待凶手的出现，最终凶手逃脱了。

《秘密列车》分集介绍：第六集

　　龙飞通过寻找到三个死者的共同性，再一次回到了甘谷向曲浩然了解情况，从曲浩然口中得到了，近乎准确的凶手特征，通过所有的信息特征最终锁定为第二医疗机械场的尹大龙。尹大龙的故意消失和在邮局给龙飞留下包裹，这意味着凶手向龙飞下了战书。