周明天三人下了火车，再次搭上了另一列火车。龙飞在新挂的车厢上发现了杨教授，随后便与肖克联系将杨教授成功救出。通过周明天提供的交易的时间地点。龙飞和肖克同时感到了交易现场，但对方的真正目地并非交易而是将周明天斩草除根。龙飞为继续卧底接近特务，想尽一切办法回到周明天身边。

《秘密列车》分集介绍：第十六集

　　杜明明获救与肖克感情得到了进一步发展，龙飞通过与周明天之间的周旋，再次得到了他的信任踏上了回京的列车。肖克第一时间被龙飞告知了他与周明天两人的秘密藏身之处，于是重案组部下了重重网络等待周明天的再一次行动。杜明明也冒着再次违反纪律的危险，不顾一切的对周明天实施了跟踪。

《秘密列车》分集介绍：第十七集

　　龙飞醒来后发觉中了周明天的调虎离山计，根据眼前的种种线索最终锁定特务的交易地点——体育场。肖克得到信息也随后赶到了体育场。这时杜明明也跟踪周明天到了体育场，龙飞等人在寻找周明天的过程中意外的发现了杜明明的尸体，根据墙上发现的线索，肖克等人回到了周明天的藏身处将其抓获。

《秘密列车》分集介绍：第十八集

　　龙飞带着沉浸在悲痛中的肖克来到了杜明明的被害现场，希望能使肖克振作并查清楚事实的真相。杜明明被杀案未结，龙飞又踏上了护送杨教授去西北的列车，一波未平一波又起，护送去西北的杨教授被龙飞识破是冒牌后，在其逃跑过程中意外被撞死。肖克再次提审周明天，这时龙飞以新的形象出现在周明天面前。

《秘密列车》分集介绍：第十九集

　　经过对周明天的反复审讯，却一无所获。周明天使计将自己弄出公安局，当龙飞识破骗局，追赶周明天时，为时已晚，小汪等人已惨遭杀害。于是龙飞踏上了追赶周明天的旅途。龙飞最终赶上了周明天的步伐，并在火车上与辛红羽偶遇，三人最终下了火车，来到了周明天最终向往的目的地。

《秘密列车》分集介绍：第二十集

　　周明天带龙飞上山，顺便为自己勘察了地形。回到村子后假借为龙飞伴婚礼拖延时间，婚礼在周明天预计下如期举行了。

《秘密列车》分集介绍：第二十一集

　　龙飞醒来后发现周明天挣脱手铐不见踪影，便向山里跑去追寻周明天的下落，无意中发现了几个洞穴，惊人的找到了尹大龙和杨教授。此时肖克等人闻讯前来接应，尹大龙被当场击毙，杨教授成功获救。龙飞最终在界碑前找到周明天，周明天被当场击毙掉下山崖。事情终于告一段落。辛红羽将其发现的疑点告知了龙飞，伍星进入了龙飞的视线，于是开始对伍星家进行监控。

《秘密列车》分集介绍：第二十二集

　　龙飞再一次担负起送杨教授和谢宝音核基地的任务。谢宝音给龙飞下毒被辛红羽发现，龙飞中毒感觉事情不妙，可惜为时已晚，辛红羽已惨遭毒手。正待谢宝音向杨教授下手之时，龙飞赶到，杨教授再次获救。几经磨难杨教授最终到达了核研究基地。通过对谢宝音的审讯和辛红羽发现的疑点，找到了伍星挟持的人质谢宝音女儿谢甜甜。

《秘密列车》分集介绍：第二十三集

　　谢甜甜被救出，护送任务取得了阶段性的顺利。龙飞肖克希望能通过对伍星的审问找到九哥的下落。此时案件再次扑朔迷离疑点重重，小汪的死，火车上的假杨佑亭，都证明了内部有内奸，张刚成为龙飞等人怀疑的目标，龙飞肖克使计，最终张刚行迹败露，特务的身份被揭穿。

《秘密列车》分集介绍：第二十四集(大结局)

　　龙飞肖克通过对案情的分析和推理，再一次对张刚进行了审讯。审讯过程中张刚提出了交换条件，最终嫌疑人浮出水面。郑菊村见形势不妙形迹败露，于是将张刚和小费杀害。并将其罪行嫁祸给龙飞，龙飞此时身处天罗地网，只能束手就擒，此时只有唯一一人能够指证郑菊村，那就是自己的女儿谢甜甜，郑菊村不顾女儿的生命，执意保守自己的特务身份，幸亏龙飞等人及时赶到，甜甜成功获救。所有的一切就这样结束了吗？