此外，天主教也在这个时期开始传入朝鲜。在中国的天主教传教士利用朝鲜政府对西洋天文历法和天文仪器感兴趣的机会，同来京的朝鲜使臣交往，传教士的博学多闻、教堂的庄严崇高、基督教教义表述的新奇观念，也随着这些交往传给了朝鲜使臣。

　　正祖八年（1784年），朝鲜使臣李承薰在北京天主教南堂领洗为天主教徒，教名伯多禄（彼得）。他回国之后开始了秘密传教活动，朝鲜的天主教徒组织的地下教会，信徒迅速增加。但是朝鲜的教会属于自发性质，没有经过教会任命的神职人员，教徒为教徒受洗，不符合天主教教义。由于朝鲜严格禁止西洋人入境，所以北京教区主教决定派遣相貌与朝鲜人相同的中国传教士进入朝鲜。

　　1791年12月23日，周文谟教士历尽艰辛，潜入朝鲜国境，随即开始了传教活动，入教信徒有两班显贵，也有卑贱的士卒。朝鲜政府将天主教视为邪教，不断逮捕处决教徒，在得知有中国传教士潜入之后，更是加紧了搜捕，逮捕、拷打教徒。为了保护广大朝鲜教徒的安全，周文谟决定向朝鲜政府自首，于1801年 4月19日在汉城英勇就义。此案被称作“辛酉邪狱”，众多教徒和进步思想家如李承薰、丁若镛等人被处刑和流放。朴趾源、朴齐家等与天主教无直接关联的北学论者也被降职、革职。韩国学者认为，周文谟在朝鲜的活动已经超出了宗教的范畴，通过他的活动，十八世纪末的朝鲜社会在了解和吸收欧洲外来文化方面有了很大的进步。

　　虽然残酷镇压天主教，但是正祖大王还是被公认为李朝五百多年中最有孝心的一位国王之一。尽管被祖父强行过继给10岁就死掉的伯父，但是他对生父庄献世子的惨死始终念念不忘。他将父亲的坟墓从汉城近郊杨州永佑园迁到了京畿道的水原显隆园，并在陵园附近修建了自己的健陵，以长伴生父亡灵。1796年，他还令丁若镛主持在水原兴建一座新都城，这就是有名的华城。

　　李祘首先把汉城的朝廷官员和兵民富户迁移到水原。在水原八达山划定城址之后，城墙于1794年动工，使用了37万壮丁民夫兵士作为劳力，在两年之后的 1796年9月竣工。实学家茶山丁若镛根据当时代表新思潮的实学精神，以当时最新的技术，包括由清朝传入的西洋筑城技术和西洋式起重机械，修建了水原华城。'

　　华城城廓总长5520米，有八达门（南门），长安门（北门），苍龙门（东门），华西门（西门）四个大门，还有通往城外的暗门5个，引水排水的水门2 个，保管武器或监视敌人的了望台4座，监视敌人动向的空心墩3座，峰墩1座，炮楼5座，将台2座，角楼4座，炮舍3座，弩台2座。八达山的山麓为华城王宫。

　　丁若镛在修筑华城的时候，除了西洋技术之外，还采用了经学和儒学思想，易经中的太极、两仪、四象、八卦理论，以及传统的五行方位学说。 华城城墙有以下几个特点：首先，建造城墙时候用了石头和砖瓦，从构造上看，不仅可以防御弓箭和矛剑等冷兵器，而且可以防御枪炮的进攻。这就是表明它已经带有近代城墙的结构。还有一点就是使用材料如石块、砖、木都指定统一规格，并且在施工中使用了西洋式的举重机等机械装置。这些特点都是朝鲜筑城史上的首创。