林云飞判断“无面人”的心理上一定会有所反应，但三个人当前的表现，让林云飞甚是不解。此时技术部门报告，苹果中的毒素只能保持一个小时。而这三个人在此期间都不在犯案现场，难道还有第四个人？通过对目击者的再次询问，确认此间只有这三个人去过张铨家，绝没有第四个。林云飞分析可能是这三个人中的其中一人中途返回来过，洪处长从外线的调查中也证明，“无面人”就在这三个人当中。这时接到上级情况通报：所失机密文件可以通过卫星自动发射，而不用人工操作。这使林云飞想通过时间的迫近，观察三人心理变化来判定嫌疑人的设想失败。正当林云飞一筹莫展之时，小曹报告工程师李玉苏醒了，董智超无奈的表示，如果张铨也被救活就好了，这句无意的话提醒了林云飞，他决定假称张铨已被救醒，以此来测试三人的心理变化。此举很奏效，吴成在心理上产生了重大的变化。这时又传来消息，注射毒素的针管被找到了，在强大的心理压力下，加上林云飞丝丝入扣的推理，吴成不得不承认了自己就是“无面人”。案件的成功告破使林云飞有些骄傲，洪处长却批评他在破案中违反纪律，并宣布接下来的工作由董智超负责。林云飞失落的回到父母家休息。

　　与此同时，境外间谍头目吉米不甘失败，决定激活长期潜伏的间谍“戴安娜”，执行下一个更加阴险的间谍行动。

《国家机密2》分集介绍：第四集

　　父母天天催促林云飞找对象，让林云飞很烦，不能参加破案行动让他更加烦躁，他决定提前结束休假。此时关厅长向洪处长通报吉米没有被解职，可能后面有更大的阴谋。为了保护我侦察员的安全，决定撤回成功打入“马蜂”间谍小组的“乐手”同志，让林云飞负责接应。不料，林云飞与小曹却亲眼目睹了“乐手” 被敌人开车撞死的全过程，临终前，“乐手”告诉林云飞要注意“一颗痣”。“乐手”的牺牲证明了吉米正在策划一项重大的阴谋，从“乐手”留下的二胡中，也找到了敌人下一步的行动计划叫“终极目标”行动。乐手的牺牲激起了广大侦察员的愤怒，他们迅速采取行动，一举破获了“马蜂”间谍小组。“乐手”临终遗言让林云飞像着了魔，他着手调查“一颗痣”，洪处长批评林云飞捕风捉影，责令他停止这种无用的调查。林云飞很是不满，认为洪处长故意跟自己过不去。

　　林云飞接到了同学聚会的请帖，在聚会上，他遇见了多年不见，目前在国外发展很好的同学王跃龙。听到林云飞对自己现状不满，王跃龙主动邀请林云飞出国跟自己干，而且态度非常的诚恳和急切。这引起了林云飞的怀疑，他让小曹私下帮助调查王跃龙的情况。

《国家机密2》分集剧情介绍：第五集

　　抱孙子心切的父母，瞒着林云飞在省城给他买了新房子，林云飞急忙赶到新居，埋怨父母不和自己商量，话未说完就接到洪处长的电话，让他赶快赶回处里。洪处长批评林云飞没有吸取上次的教训，再次违反纪律，私自调查王跃龙，让他写出深刻的检查。林云飞心情不悦的回到新居，不想遇上父母为自己介绍的女朋友¬—宋小菲，意外的发现她的脸上有一颗痣，顿时一愣。为了向父母掩盖自己的真实身份，林云飞假装与宋小菲相处。父母看到此景，放心地走了。林云飞刚送走父母，洪处长又单独地召见了林云飞，告诉他吉米的行动目标是针对我国的火箭计划，让林云飞负责动力所的安全保卫行动。在对动力所有关人员进行排查中发现，负责火箭燃料样品测试的袁知方总工身边最近有个女人对他特别关心，似乎像是在谈恋爱。因为动力所是国家的重点科研单位，而袁工从事重要的科研工作，密级很高，间谍多次想打动力所的主意，所以钟所长向洪处长反映了这一情况。果然不出所料，此女正是间谍分子，她利用自己的色相接近袁工，罪恶之手已伸向袁工存有重要科研资料的电脑。