《国家机密2》分集介绍：第六集

　　当神秘女人用药迷倒袁工，把手伸向袁工的电脑时，侦察员突然出现，当场将其抓获。经审讯，她交代了自己从事间谍活动，代号“戴安娜”。根据实际情况分析，专案组认为此人不可能是吉米的王牌，这可能又是吉米耍的花招。案情分析会上，关厅长领来一个年轻的女侦察员石慧，并宣布她为新科长，负责这次侦破行动。这引起了林云飞和董智超的不满，并对其冷嘲热讽。石慧不为所动，对侦察计划提出了自己的想法：对动力所这样的重点单位，应派侦察员用掩护身份进入，进行贴近侦查，并推荐林云飞执行此任务，让林云飞很感意外。为了全身心地完成这次任务，林云飞向宋小菲提出断绝来往，这让宋小菲很伤心。

　　林云飞以所办副主任的身份进入了动力所，他的身份只有李书记一人知晓。钟所长要出差，临行前叮嘱林云飞照顾好负责测试工作的袁知方。林云飞利用副主任的身份，对动力所的重要人员和重点部位进行了严密的排查，没有发现任何可疑之处，动力所的安全保卫措施也没有明显的疏漏。但专案组从特殊的渠道得知，动力所的一份机密的研究计划已泄露到境外，洪处长非常的生气，林云飞也感到很自责。为查清此案，石慧等人来到动力所，向袁知方了解情况，不想袁工非常激动，突然病倒了。

《国家机密2》分集介绍：第七集

　　林云飞陪袁工回家休息，意外遇到了TTC公司董事长金梦前来探望。经了解，金梦是袁工的学生，与袁工是私交，案发时她在国外。她接触袁工很可能是想利用袁工的儿子科技局长袁宇，发展自己的事业。由于袁工的关系林云飞与金梦有了接触，一次陪袁工打网球时，林云飞意外地发现金梦手臂上也有一颗痣，引起他的注意。金梦很看重林云飞有“副省长亲戚”的特殊背景，想请林云飞去TTC公司工作。石慧对金梦的背景身份也有疑虑，让林云飞继续接触金梦。

　　一个星期过去了，案件却毫无进展。石慧提议对动力所进行一次全面的安全检查，来打乱敌方的步骤。检查结果让所有人大吃一惊：由袁工保存的K1样品被人动过了，袁工心急如焚，突发心脏病，住进了医院。通过技术检测，作案现场没有外来人员作案的迹象。林云飞分析，袁工说过在新样品和旧样品对冲的时候会有损耗，而三天后要有新样品送到，所以，有可能是懂技术的内部人作案，而且把目标锁定在了陆工身上。经多方调查和特殊的技术探测，证实陆工不可能出现在作案现场，作案者另有其人。

《国家机密2》分集介绍：第八集

　　经排查和技术鉴定，排除了所内所有能够接触此重要科研资料人员作案的可能，除袁工已被助手证明案发当时他一直在测试室以外，没有任何所内人员进入案发现场的迹象，专案组都很着急。在案情分析会上林云飞提出了一个非常大胆的设想，很有可能是袁工监守自盗，并说明自己发现最近袁工的一些异常举动。此言一出遭到大多数人的反对，特别是洪处长。林云飞赶回医院继续看护袁工，他无意中发现袁工对儿子很反感，两人还在病房里吵了起来。联想到袁工一些异常的行为，林云飞又开始了对袁工进行私下调查。据可靠情报，失窃文件可能从机场流出。为了防止样品外流，洪处长命令对机场进行检查，全力防范样品出境。此时技术部门报告，案发现场有两只猫的猫毛，而林云飞清楚记得案发前后，袁工家除了自养的猫以外，还收留了一只流浪猫。这证明在案发时袁工去过现场，而不是他说的这两天根本没有进过案发现场。林云飞再一次向洪处长汇报了这一特殊情况，并报告发现袁工有过分迁就儿子的弱点。但洪处长不听林云飞的建议，严令按计划行动。林云飞认为这是一个重要的情况，对此案很可能时一个重大突破。他直接向关厅长作了汇报，关厅长听取了林云飞的建议，决定对袁氏父子进行调查。果然在袁宇身边发现有一些神秘的女人，袁宇的秘密情人—模特于莉娜十分可疑。