柠檬酸易溶于水，可以直接与水混合后被吸入饮水机内，加热消毒，然后打开饮水机的冷热开关放水，再多用清水冲洗几遍就可以了，另外，柠檬也含有大量的柠檬酸，也可以榨汁后用于饮水机的消毒。

柠檬酸是一种很重要的有机酸，无色晶体，无臭，有很强的酸味，易溶于水，柠檬酸在80℃下，可以很好的杀灭细菌芽孢。所以将混有柠檬酸的水加热，可有效杀灭饮水机内的细菌。

此外，柠檬酸为食用酸类，可增强体内正常代谢，适当的剂量对人体无害，不用担心饮水机内的水质会因此受到污染，而且在某些食品中，加入柠檬酸口感会更好，可促进食欲，在中国允许果酱、饮料、罐头和糖果中使用柠檬酸。

但是虽然柠檬酸对人体无直接危害，但它可以促进体内钙的排泄和沉积，如果长期食用含柠檬酸的食品，有可能导致低钙血症，并且会增加患十二指肠癌的几率。

另外，柠檬中含有丰富的柠檬酸，甚至被誉为“柠檬酸仓库”，所以用柠檬榨汁也可以很好的杀菌清洁。但是要注意不要将榨汁后的果皮或果壳也吸入饮水机内，那样容易造成饮水的损坏。